สมมติฐานที่มีมายาวนานก่อนหน้านี้เสนอว่าประชากรญี่ปุ่นแผ่นดินใหญ่สืบเชื้อสายมาจากชนพื้นเมือง Jomon นักล่า-รวบรวม-หาปลา ซึ่งอาศัยอยู่ในหมู่เกาะญี่ปุ่นเมื่อประมาณ 16,000 ถึง 3,000 ปีก่อน และต่อมาชาวนายาโยอิซึ่งอพยพมาจากทวีปเอเชีย และอาศัยอยู่ในญี่ปุ่นตั้งแต่ประมาณ 900 ปีก่อนคริสตกาลถึง 300 ปีก่อนคริสต์ศักราช แต่จีโนมญี่ปุ่นโบราณที่จัดลำดับใหม่ 12 จีโนม ซึ่งมาจากกระดูกของผู้คนที่อาศัยอยู่ในช่วงก่อนและหลังการทำฟาร์ม ยังระบุการหลั่งไหลเข้ามาในภายหลังของบรรพบุรุษ ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น ชาวเอเชียตะวันออกในสมัยจักรพรรดิโคฟุง ซึ่งกินเวลาตั้งแต่ 300 ถึง 700 ค.ศ. และที่เห็นการเกิดขึ้นของการรวมอำนาจทางการเมืองในญี่ปุ่น Shigeki Nakagome ผู้ช่วยศาสตราจารย์ด้านจิตเวชศาสตร์ของ Trinity College Dublins School of Medicine เป็นผู้นำการวิจัยซึ่งรวบรวมทีมนักวิจัยสหวิทยาการจากญี่ปุ่นและไอร์แลนด์ ศาสตราจารย์ Nakagome กล่าวว่า