การหยุดชะงักของไมโครไบโอมในช่องคลอดทำให้เกิดภาวะแบคทีเรียในช่องคลอด (BV) ซึ่งสร้างความเจ็บปวดให้กับผู้หญิงวัยเจริญพันธุ์เกือบ 30% ทั่วโลก และมีค่าใช้จ่ายประมาณ 4.8 พันล้านเหรียญสหรัฐต่อปีในการรักษา BV เพิ่มความเสี่ยงต่อการติดเชื้อทางเพศสัมพันธ์จำนวนมากรวมถึงเอชไอวีและเพิ่มความเสี่ยงของการคลอดก่อนกำหนดในหญิงตั้งครรภ์ซึ่งเป็นสาเหตุการตายอันดับสองของ สุขภาพผู้หญิง ทารกแรกเกิด ปัจจุบัน BV ได้รับการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ แต่มักกลับมาเป็นซ้ำและอาจนำไปสู่ภาวะแทรกซ้อนที่รุนแรงขึ้น รวมถึงโรคเกี่ยวกับกระดูกเชิงกรานอักเสบและแม้แต่ภาวะมีบุตรยาก เช่นเดียวกับที่มีการกำหนดโปรไบโอติกเพื่อรักษาปัญหาเกี่ยวกับระบบทางเดินอาหาร อย่างไรก็ตาม การทดลองพรีคลินิกทำได้ยาก เนื่องจากไมโครไบโอมในช่องคลอดของมนุษย์นั้นแตกต่างอย่างมากจากแบบจำลองสัตว์ทั่วไป การศึกษาพบว่า แบคทีเรีย แลคโตบาซิลลัสประกอบด้วยไมโครไบโอมในช่องคลอดของมนุษย์มากกว่า 70% แต่น้อยกว่า 1% ของไมโครไบโอมในช่องคลอดในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่นๆ