แม้ว่าความท้าทายในการทำความสะอาดภูเขาไฟฟูจิจะอยู่ในแนวหน้าของความสนใจและการดำเนินการของสาธารณชน แต่ความเป็นไปได้ของการปะทุของภูเขาไฟในอนาคตอันใกล้นั้นเป็นภัยคุกคามที่ก่อให้เกิดผลที่ตามมาที่ยิ่งใหญ่กว่ามาก ในฤดูใบไม้ร่วงปี 2000 นักวิทยาศาสตร์ชาวญี่ปุ่นเริ่มตรวจพบการเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วของกิจกรรมภายในภูเขาไฟ การเพิ่มขึ้นอย่างมากของแรงสั่นสะเทือนขนาดเล็กมากกว่า 200 ครั้งต่อเดือนเมื่อเทียบกับค่าเฉลี่ยก่อนหน้านี้ที่ 10 ครั้งต่อเดือนและการเคลื่อนตัวของหินหนืดที่อาจขึ้นสู่พื้นผิว นักวิทยาศาสตร์กล่าวว่ากิจกรรมนี้บ่งชี้ว่าภูเขาไฟอาจปะทุในไม่ช้า การปะทุครั้งสุดท้ายขอ" ภูเขาไฟฟูจิ ในปี 1707 กินเวลา 16 วันและก่อให้เกิดกลุ่มควันและเถ้าถ่านกว้าง 6 ไมล์ซึ่งบดบังดวงอาทิตย์ในบางพื้นที่ รายงานของรัฐบาลที่ออกในปี 2545 ระบุว่า การปะทุครั้งใหม่อาจพ่นลาวา เศษซาก และเถ้าถ่านออกไปในพื้นที่หลายร้อยตารางไมล์ คุกคามหมู่บ้านใกล้เคียง ตัดกระแสไฟฟ้าและน้ำประปา และทำให้การเดินทางทางถนน ทางรถไฟ และทางอากาศหยุดชะงัก ความเสียหายที่เกิดขึ้นอาจมีราคาสูงถึง 2.1 หมื่นล้านดอลลาร์ ผู้เชี่ยวชาญไม่สามารถคาดเดาได้ว่าการปะทุครั้งต่อไปจะเกิดขึ้นเมื่อใด อย่างไรก็ตาม พวกเขากล่าวว่าเป็นคำถามของ เมื่อไร ไม่ใช่ ถ้า แม้ว่าการกำจัดภัยคุกคามจากการระเบิดของภูเขาไฟจะอยู่นอกเหนือการควบคุมของมนุษย์ แต่นักวิทยาศาสตร์และหน่วยงานของรัฐกำลังดำเนินการเพื่อบรรเทาผลกระทบที่อาจเกิดขึ้นจากภัยพิบัติดังกล่าว ทีมผู้เชี่ยวชาญด้านแผ่นดินไหวและนักภูเขาไฟวิทยาได้ทำการทดสอบ รวมถึงการจุดชนวนระเบิดใต้พื้นผิวของภูเขาไฟฟูจิ เพื่อทำแผนที่โครงสร้างภายในของภูเขาไฟและกำหนดเส้นทางที่แมกมาอาจใช้หากเกิดการปะทุขึ้น จากการวิจัยในปัจจุบัน รวมทั้งข้อมูลจากการปะทุในปี 1707 ผู้เชี่ยวชาญสามารถสร้างแผนที่อันตรายที่อาจเกิดขึ้นได้